民国成立之后，第一任正式大总统袁世凯与孙文领导的国民党之间权力斗争并未立刻结束，时有所谓“二次革命”之说，袁世凯自己也知道。“二次革命”一语最早出现在北洋政府文献中是1912年11月26日袁世凯发布的《严惩倡言二次革命党徒通令》。

发动二次革命的原因是袁世凯祸国殃民的善后大借款以及派人刺杀宋教仁（1882年4月5日－1913年3月22日）。《剑桥民国史》称，宋教仁曾在国会大选获胜后的演说中主张实行内阁制，削减总统的权力，并认真考虑过赶袁世凯下台，但孙中山当时却支持袁世凯。《剑桥民国史》也认为，袁世凯在面对国民党大选胜利威胁他的地位后，准备发动与国民党的战斗。

宋教仁遇刺身亡

1912年2月，隆裕太后诏袁世凯组建临时共和政府，同盟会在南北和谈之际，早于隆裕太后的诏书成立中华民国临时政府。南方独立各省最终选举袁世凯为临时总统。8月，宋教仁改组同盟会为国民党，任代理理事长。

1913年2月，根据《中华民国临时约法》的规定，中国首次举行国会选举，由同盟会为骨干组成的国民党获得议席最多。由于《临时约法》采内阁制以制衡总统权力，依其精神当由时任国民党理事长的宋教仁出任内阁总理。3月，国会召开前夕宋教仁“被袁世凯指使赵秉钧派人刺死于上海”。而当时外界诸多猜疑，认为赵秉均的行为乃是袁世凯授意，然并没有实质证据可以证明此一论定，但当时绝大多数人相信这个说法。3月20日，宋教仁在上海沪宁车站遇刺，两天后去世。凶手在上海公共租界被捕获，学者张耀杰在其著作中称宋案的直接凶手武士英，在租界西捕房安然无恙，刚转进陈其美老部队改编的军营中，还未仔细审讯，就离奇死亡。史学界一般认为袁世凯是暗杀主谋的可能性较大。还有观点认为宋教仁案的真正凶手是陈其美。江苏都督程德全、民政长应德闳在收到租界会审公堂移交的证据后，把犯罪嫌疑人应桂馨和国务总理兼内务总长赵秉钧、内务部秘书洪述祖之间来往的秘密电报和函件的要点以“通电”的形式向海内外公布，迫使赵秉钧不得不发出公开电报为自己辩解。上海地方检察厅也公开传讯在位的国务总理赵秉钧。赵氏拒绝到上海应讯，但迫于社会舆论的强大压力，袁世凯批准他辞去总理，由段祺瑞代理。

时任中国铁路总公司总裁的孙中山于事发后立即中断在日本的访问，返回中国，于上海开会，主张以武力讨伐袁世凯。但国民党内意见不一，部分领导人（如黄兴）倾向使用和平手法，在不破坏临时约法之下以法律方法抗争。

善后大借款

4月26日，袁世凯北洋政府向英、法、德、日、俄五国银行团签订借款合约，本次借款总额为2500万英镑，借款年息5厘，借款总期限47年；而此次债券会以9折向外出售，并扣除6％作为佣金，预计净收入2100万英镑。此次借款指定用途为扣除偿还到期的庚子赔款和各种外债，另外也用于政府遣散各省多余军队，以及抵充政府行政运转费用外，剩下760万英镑。到期后归还本息应为6789万英镑。此次借款用中国盐税、海关税及直隶、山东、河南、江苏四省所指定的中央政府税项为担保，盐区的盐纳税到帐后，要由中国人经理和外国人经理一起协商后会同签字后才可放行。国民党人称袁意在扩张北洋军队，而借款未经现任国会批准属非法。5月初，国民党员江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚通电反对贷款。黎元洪居中斡旋，希望化解北京及国民党之争。

宋教仁之死有不同版本的猜测与深入挖掘后的讨论，但是历史学家们似乎都停留在揣测的层面上，鲜有大胆引发讨论的坚决与执着。