首先我们要分清“灵魂”和“意识”是两个不同但又紧密相关的概念。“灵魂”是指具有意识（感觉、知觉、记忆、思维）的一种物质实体，“意识”是指在“灵魂”这个物质实体中所发生的感觉、知觉、记忆、思维等精神活动。
从现在人们的普遍认知来说，灵魂的存在是毫无疑义的，问题的关键在于：灵魂是能够脱离肉体的一种可以独立存在的存在呢？还是与肉体密不可分的一种存在？
曾因发现DNA双螺旋结构而获得1962年诺贝尔生理医学奖英国生物学家、神经科学家弗朗西斯·克里克，从1976年开始转向研究脑科学。他通过多年的研究得出结论：独立于肉体之外的灵魂是不存在的，没有肉体的生理活动就没有了灵魂。他在1994年出版的《惊人的假说：对灵魂的科学研究》一书中说：“你的快乐和你的痛苦，你的记忆和你的雄心，不过是一大群神经细胞及其相关分子的群体行为。”也就是说，人的灵魂就是人体内的一些神经细胞群，人的意识就是那些特定神经细胞群的分子活动。
后来，克里克与美国加利福尼亚理工大学的计算及神经系教授克里斯托弗·科克合作深入研究灵魂和意识。2003年2月，他们在《自然》杂志上发表的研究论文中提出：人的灵魂就是大脑中的特定神经细胞------“灵魂细胞”，这些“灵魂细胞”位于大脑皮层后部到前缘的一小块区域。当人的肉体死亡后，“灵魂细胞”也随之死亡，包括“灵魂细胞”在内的大脑神经元的活动和神经递质的传递停止了，意识也就没有了。因此，灵魂只能存在于有生理活动的肉体中。
但有的科学家提出了相反的观点。例如，美国亚利桑那州大学意识研究中心负责人，心理学系教授斯图亚特.哈默罗夫博士，与英国物理学家罗杰.彭罗斯爵士共同提出一个“调谐客观还原”理论。按照他们的理论，人的大脑就是一台生物电脑，灵魂就是大脑中的量子运行程序，存在于脑细胞的“微管”结构内，人的意识活动就是微管内的量子引力效应。人的肉体死亡后，构成灵魂的量子物质就可能脱离肉体而去，而其中的量子信息就会在宇宙中保存下来并独立的存在下去。
哈默罗夫博士说：“心脏停止跳动，血液停止流动，微管失去它们的量子态，但微管内的量子信息并没有遭到破坏，也无法被破坏，它离开肉体后重新回到宇宙。如果患者苏醒过来，这种量子信息又会重新回到微管，患者会说‘我体验了一次濒死经历’。如果没有苏醒过来，患者便会死亡，这种量子信息将以灵魂的形式存在于肉体之外。”
目前科学界对濒死体验的大量研究已经证明，人的肉体死亡之后，灵魂确实能脱离肉体而去，因此，“灵魂细胞”之说是不能成立的。这也就是说，灵魂并不是以“灵魂细胞”的这种物质形式存在的，大脑中的那些神经细胞群本身并不具有意识，具有意识的是与大脑神经细胞群紧密结合在一起的灵魂。灵魂是具有感觉、知觉、记忆、思维等能力的一种精微的物质实体，它与大脑神经细胞群紧密地结合在一起，间接的通过大脑的神经细胞群及人体的感觉器官去感知外部世界，并通过操纵控制肉体的言谈举止等行为活动，将灵魂的思想意识表达呈现出来。当那些神经细胞群随着肉体的死亡而停止了生理活动之后，灵魂就可能会脱离肉体而去。
但是，灵魂并非像“调谐客观还原”理论所说的那样，仅仅是以人脑“微管”结构内的“量子信息”那样简单的物质形式而存在的。因为灵魂不仅仅载有“量子信息”，还有着“视觉”、“听觉”等灵敏的心灵感应能力以及极为敏锐的思维能力，灵魂是作为一个能感知外部世界并有着个性思维的独立物质实体而存在的。人的极为复杂的意识活动，也不能简简单单的归之于“微管”内的“量子引力效应”。
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