金门战役登岛的万名将士中，4千余人战死5千余人被俘，有些自愿加入国民党军队，千余名甄别后放回大陆，总共分三批释放，50年3月小批释放级别较低。50年7月18日第二批是最大批共529名，从台北上火车到基隆上船，7月22日到大陈岛，然后用登陆艇和小船送头门山岛。俘虏们派出两名干部其中一名是西北野战军作战科科长潘国杰回大陆联络，驻浙江临海县驻军21军得知后，立即派出5条机帆船迎接归俘，第一批归俘被集中在杭州古荡7兵团政治部招待处。

第三批387人于50年12月11日离开战俘营，从台北抵达基隆上船开往福建沿海，12日抵达马祖岛，然后白犬岛，13日分头上了渔民渔船，几个小时后，便在福建长乐连江沿海一带分散登陆了。有的被28军部队接收，有的被巡逻民兵抓获，立即送派出所、公安局，随后所有归俘们都送到10兵团福州招待所。这只是最大的三批，以后零零星星又放回一些，最后一名回归的金门战俘，是253团一营一连的许道位，他于1956年1月，于一批南日岛战俘一起回归。

900余名归俘回来后，先后在杭州、福州成立了归俘集训队，不久将131名副连以上军官送南京，由华东军区政治部审查。第二批排以下干部战士在杭州接受审查，第三批排以下在福州接受审查。
先治疗、休养，一个月后开始学习。中西方对待战俘观点不同，何况还是在那个战争年代。战俘就是叛徒，所以所有战俘开始了三个阶段学习。

第一阶段；是政治教育阶段，包括时事教育，“气节”教育等内容。学习文件、报纸，听报告，针对战俘在台湾受到的政治教育，开展专题讲座，使战俘分清理论是非，提高觉悟。“气节”教育让战俘内心愧疚，听报告、看电影，对照“钢铁战士，”李大钊、瞿秋白等先烈的英勇事迹，想想自己，原先觉得委屈打了仗吃了苦领导上不来救我们的想法没了。

第二阶段是核心、关键，也是集训的主题，叫启发反省阶段，号召“忠实坦白、深刻检讨、互相帮助”，方法是个人反省与小组反省相结合；组织上全面了解，甄别材料，认真审查，作出结论。每个人都要详细交代，过关。接下来第三阶段；根据交代和互相揭发情况，开始处理定性。不管在台湾表现如何都拚命揭发别人，使尽全身解数，互相攻击、揭发，夸大、渲染、捕风捉影，以求表现好、自保，免去死刑和牢狱之灾。

原244团政治部主任孙树亮成了积极揭发的标兵。244团政治部主任孙树亮利用学习队副队长的身份，通过诬陷他人来洗脱自己，结果很多归来人员都被判处徒刑，连被国民党称为“最顽固分子”的251团副团长马绍堂也被判处5年徒刑，而孙树亮却没有受到任何惩处，这激起了归来人员的公愤，纷纷检举孙树亮在台湾行为，结果孙树亮也被判处5年徒刑。基本问题搞清楚后最后行动开始，1951年7月21日，南京下关华东军区政治部第二干部招待所，宣布最后的组织决定。


1951年6月，第一批枪毙的两人，253团3营营长李子元，251团副连管理员窦永礼被押到南京水西门外，江东门镇后的刑场执行枪决，刑场上警卫森严两口棺材一字排开，因念他们过去对革命有功，由组织出面付棺安葬。

李子元在金门战斗中，于10月25日下午被俘，当时尹俊18师警卫营猛攻林厝，李子元率领3营守在林厝东边高碉堡附近地堡里，李子元率部打退二次进攻，第三次18师冲上来的时候弹药打光，再打就是送死李高叫；“别打了，缴枪了。”率领身边还剩下的17人放下武器，缴出轻、重机枪各一挺，卡宾枪十余支，还有随身携带的作战命令、作战草图等物。当时除了3营战士外，253团1连副连长郭阿堂也在其中，也随李子元一起投降。他是泰兴人40年入伍从战士当到营长，所有战友都对他印象不错，在战俘营表现也不错，只是战场投降罪不可赦，作为叛徒第一批被枪毙。

连级干部窦永礼37年入党、入伍经过八年抗战，三年内战枪林弹雨里6次负伤是三等残废；当过战斗英雄，生产模范。战斗结束后，坐在海边等敌人来俘虏，后来进古宁头联系领导找不到人，刚喊声；“刘团长”，就引来一枪，赶快钻进一间民房里，敌兵追来，在门口把枪栓拉的哗哗响，大喊；“看见你了，还不赶快出来，缴枪不杀，国军优待俘虏。”老窦高举双手走了出来就擒，这就是叛徒行为无疑，后来到了战俘营还帮助国军指认干部，监视干部，自然是罪不可赦。

第二批枪决人员共四人，于1951年9月28日下午一点执行，地点仍旧是南京水西门外、江东门镇后的刑场，警卫森严，四口棺材一字排开，对徐惠良、张连升等4名战俘。最有甄别审讯全部结束后，所有战俘最后都按照程序处理，这些人今后的最终命运如何其实毋庸多言了。