我的理解是，存活下来的是真孙悟空，被打死的是假的。

有的观点认为，是如来顾忌孙悟空不安分，是取经队伍里的不稳定因素，所以暗中将六耳猕猴替换掉孙悟空。我认为这是不对的。原文57回，孙悟空被赶走，猪八戒和沙僧化缘回来，有这样一段情节。

二人欢欢喜喜，回至路上，只见三藏面磕地，倒在尘埃，白马撒缰，在路旁长嘶跑跳，行李担不见踪影。慌得八戒跌脚捶胸，大呼小叫道：“不消讲！不消讲！这还是孙行者赶走的余党，来此打杀师父，抢了行李去了！”沙僧道：“且去把马拴住！”只叫：“怎么好！怎么好！这诚所谓半途而废，中道而止也！”叫一声：“师父！”满眼抛珠，伤心痛哭。八戒道：“兄弟且休哭，如今事已到此，取经之事，且莫说了。你看着师父的尸灵，等我把马骑到那个府州县乡村店集卖几两银子，买口棺木，把师父埋了，我两个各寻道路散伙。”沙僧实不忍舍，将唐僧扳转身体，以脸温脸，哭一声：“苦命的师父！”只见那长老口鼻中吐出热气，胸前温暖，连叫：“八戒，你来！师父未伤命哩！”那呆子才近前扶起。长老苏醒，呻吟一会，骂道：“好泼猢狲，打杀我也！”沙僧、八戒问道：“是那个猢狲？”长老不言，只是叹息，却讨水吃了几口，才说：“徒弟，你们刚去，那悟空更来缠我。是我坚执不收，他遂将我打了一棒，青毡包袱都抢去了。”

发生这件事的时候，悟空正在面见观音，所以唐僧看到的孙悟空其实是六耳猕猴。六耳猕猴和唐僧发生争执，不但打了唐僧，而且将包袱抢走。要知道孙悟空再怎么不听话，可从来没跟师傅动过手，六耳猕猴这样大逆不道，岂不是更加会成为队伍里的不稳定因素，如来怎么会让这样的六耳猕猴加入队伍呢。

真假美猴王之后，成斗战圣佛的到底是谁？为什么？
而且后来沙僧去找六耳猕猴，发现他竟然弄了几个假唐僧，假八戒，假沙僧出来，想要以此代替原来的队伍。这样不就更加让取经队伍崩溃瓦解掉了么，如来怎么可能让这样的事情发生。

况且当年孙悟空大闹天宫的时候，如来已经收拾过他了。此时的孙悟空已经知道自己完全不是如来的对手，自然不敢造次，可以说孙悟空已经被如来调教好了。如果如来用六耳猕猴替换了孙悟空，他怎么使唤六耳猕猴？再用五百年去镇压六耳猕猴么？如来会找这个麻烦，花大力气去调教一个新的手下么？

再者，孙悟空是菩提老祖的徒弟，菩提老祖是一个圣人，其能耐不在如来之下。虽然菩提不准孙悟空自称他的徒弟，但是如来不会不知道他们之间的关系。如来会为了一个六耳猕猴去杀了一个圣人的徒弟么？这不是得罪一个圣人的事吗？我觉得如来完全没有必要这么做。

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最后一点，六耳猕猴的身份曝光是这样的：那猕猴闻得如来说出他的本象，胆战心惊，急纵身，跳起来就走。如来见他走时，即令大众下手，早有四菩萨、八金刚、五百阿罗、三千揭谛、比丘僧、比丘尼、优婆塞、优婆夷、观音、木叉，一齐围绕。孙大圣也要上前，如来道：“悟空休动手，待我与你擒他。”那猕猴毛骨悚然，料着难脱，即忙摇身一变，变作个蜜蜂儿，往上便飞。如来将金钵盂撇起去，正盖着那蜂儿，落下来。大众不知，以为走了，如来笑云：“大众休言，妖精未走，见在我这钵盂之下。”大众一发上前，把钵盂揭起，果然见了本象，是一个六耳猕猴。孙大圣忍不住，轮起铁棒，劈头一下打死，至今绝此一种。