1634年，张献忠率军入川，攻陷夔州（今重庆奉节），进围太平，明朝重庆女总兵秦良玉率军迎击。张献忠慑于秦良玉威名，不战而逃，秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使其退走湖广（湖北、湖南）。
崇祯八年（1635年），各路农民军被官军围困于河南。为了打破明军的包围，十三家农民军首领，在河南荥阳举行了一场重要的军事会议，史称“荥阳会议”。大家讨论后决定三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳，掘掉明朝祖坟，以给予明王朝政治、心理上的沉重打击。会议结束后，张献忠和李自成在闯王高迎祥的率领下，向东挺进，直逼凤阳。
凤阳是朱元璋的老家，朱元璋建国后，曾将凤阳作为中都，并在这里大兴土木，修建了皇家陵墓，凤阳也因此成为了大明王朝的龙脉所在地。崇祯和凤阳守军怎么也不会想到，农民军会打凤阳的主意。崇祯八年，凤阳的军民还沉浸在元宵节的热闹氛围之中，这一天清晨，大雾还未散去，张献忠率军包围了凤阳城。不到半天，便攻入凤阳，全歼了两万明朝守军，击毙守将朱国正等人，俘获并当众斩首凤阳知府颜容暄。随后，张献忠将凤阳地主富户全部搜出处决，并开府放粮，分给百姓。他还让人砍光了皇陵周围的几十万株松柏，烧毁朱元璋出家的龙兴寺（皇觉寺），还掘了皇家祖坟。
崇祯九年（1636年）初，农民军已发展壮大到几十万人，张献忠的部队已达十几万人。同年九月，闯王高迎祥在黑水峪（今陕西周至县黑河水库）遭到陕西巡抚孙传庭伏击，兵败受俘而死。李自成接过高迎祥的大旗，成为新的“闯王”，转战于潼关以西地区，张献忠所部转战于湖北、河南、安徽等地。但是，由于军各义军部缺乏统一部署和协同行动，各自为战，至崇祯十一年（1638年）春，各路农民军均连遭挫折。张献忠接连失利后的兵力也锐减至几万人，不得已之下，在谷城（今属湖北襄阳）接受了明朝兵部尚书、总理六省军务的熊文灿的招抚。此后义军基本就只剩李自成还在孤军奋战，最后也被逼到陕西商南的山区里躲起来娶妻生子去了。张献忠“就抚”之后，“巧妙”地拒绝了朝廷对部下的改编和调遣，保存了大部分实力，并利用朝廷发放的粮饷招兵买马，暗中“回血”，同时联络已投降明军的罗汝才，并支援外围李自成，等待东山再起之机。此时明朝廷将剿匪主力孙传庭、洪承畴等人调往辽东防范清军，因此明朝官员对张献忠等人的行动并无觉察。
崇祯十二年（1639年）五月，成功“回血”后的张献忠于谷城再次发动起义，与罗汝才、李自成形成联动，杀了明朝一个措手不及，农民起义再掀高潮。张献忠离开谷城时，还不忘把官府中向他索贿的大小官员的名单、数字和时间，都详细地写在城墙之上，让老百姓将明王朝的腐败看得清清楚楚。崇祯下令将熊文灿逮捕杀害，派兵部尚书杨嗣昌督军进剿义军。
崇祯十三年（1640年）闰正月，张献忠在枸坪关被明军左良玉击败，只好率军突入四川。入川途中，张献忠又被杨嗣昌的军队袭击，伤亡惨重。杨嗣昌与左良玉本有矛盾，张献忠于是借此机会派人携金银财宝贿赂左良玉，并在信中说道：“正是因为我的存在，朝廷才重用你。你的部下乱杀无辜，朝中早有人看在眼里。如果我不在了，你的死期也不远了。”左良玉于是斗志开始松懈，张献忠抓住时机，集中兵力进行猛攻，明军终被击溃，杨嗣昌的围剿计划宣告破产。张献忠随之顺利进入四川，并在那里逗留了半年多才离开四川。

经过十几年的战争实践，此时的农民军已逐渐变得成熟。尤其是李自成，开始吸收知识分子的意见，实施“行仁义，收人心”，“据河洛，取天下”的战略。政策方面，实施“免粮”、“安民”、“平买平卖”的方针，同时加大瓦解敌人的革命宣传工作，形成“民皆附贼而不附兵”的局面，战略上的优势开始逐渐显现。
崇祯十四年（1641年）年正月，张献忠、罗汝才联军在四川大败官军于开县黄陵后，再以一夜300里的速度，摆脱官军追击，于二月返回湖北袭取襄阳，杨嗣昌畏罪自杀。罗汝才因与张献忠意见不合投附李自成。自此，农民军基本形成了张献忠、李自成两股主要势力。张献忠不久在信阳战败，转入安徽。
崇祯十四（1641年）至崇祯十六年（1643年）间，李自成全歼明军孙传庭主力于潼关，孙传庭战死。孙传庭军本为明朝镇压农民军的最后一支劲旅，孙传庭死后，明朝也进入了最后的黄昏。随后，李自成入西安，尽占甘肃、陕西全境及晋西山区，并收编了大部分明朝三边官军。此时，张献忠也已攻下汉阳、武昌，控制湖南全境，及湖北南部，广东、广西北部的广大地区，农民军开始由战略防御转入战略进攻。然而，随着形势的好转，两境相接的李自成与张献忠之间的关系却开始变得微妙。
崇祯十六年（1643年）农历十二月的一天下午，张献忠紧急召集自己的亲信部下汪兆麟等人来到府中议事。会议开始后，张献忠告诉大家一个决定，他打算南下南京建国称帝。部下们十分诧异，张献忠的队伍向来热衷并擅长打游击战，长期的流动作战也让明朝军队疲于奔命，同时也在各地藩王、地主那里掠夺了巨额的金银财宝和粮食，而大家从未提及建国称帝一事。听到张献忠的想法后，大家非常迷惑，一些人也提出，此时称帝时机尚未成熟，还需要进一步“广积粮，缓称王”。面对部下们的疑虑，张献忠向部下们展示了一封来自李自成的檄文信件，大家才明白张献忠建国称帝的缘由。
李自成与张献忠本为陕西同乡，而且同岁，张献忠比李自成大4天。起义之初，张献忠地位远在李自成之上，那时的张献忠已是十三家首领之一，且实力不弱，而李自成那时只是十三家之一的高迎祥旗下的一名“闯将”。二人于崇祯八年（1635年）的十三家举行的“荥阳会议”上初次见面，当时张献忠对李自成颇为赏识。之后，张献忠与高迎祥的队伍合力东进，攻下凤阳。然而，进入凤阳后，张献忠和李自成由于在战利品分配上出现分歧，让彼此之间产生了隔阂和矛盾。据记载，当时张献忠攻下凤阳后，获得了一支皇家戏曲乐队，李自成非常喜欢，于是向张献忠提出能否将这只乐队给予自己，但张献忠或许因为舍不得而拒绝了这个请求，从此二人在内心结下了梁子。
1636年，闯王高迎祥在陕西周至县黑河口被明朝陕西总督孙传庭打败而被杀，余部依附于李自成，他便从一个曾经的“闯将”一跃成了新的“闯王”，成为与张献忠平起平坐的十三家首领之一。1643年农历三月，李自成攻取湖北襄阳，自称为“新顺王”。十一月，李自成占领西安，随后建立“大顺”，并开始为建国称帝进行着筹备工作。此时的李自成实力应稍在张献忠之上。在此期间，李自成命人向张献忠带去了一封檄文信件，告知自己即将建国称帝，并计划马上准备率军北伐，进攻北京。这封檄文其实也在提醒张献忠，认清形势，接受李自成的称帝，并紧跟自己的“革命路线”，当个合格的臣子。张献忠收到檄文后，破口大骂，他无法接受李自成的“后来居上”和狂妄自大，于是召集部下讨论自立称帝的想法。

面对李自成的“欺人太甚”，张献忠部下也愤慨不已，对南下攻取南京建国的想法并没有多少异议。汪兆麟为张献忠的女婿，心思慎密、多谋略，深得张献忠信任。他认为，明朝陪都南京属于四战之地，并不适合定都建国，而四川成都最为适宜。他说道：“当年三国时期，诸葛亮与刘备的隆中对思路值得我们借鉴。以四川作为根据地，攻可以北出汉中平定西北，东出长江可以平定江南，进而夺取天下；退则可以北守剑门，南扼三峡，成为割据一方的霸主。虽然江南富庶，但那里是明朝财政收入的主要来源地，因此有重兵把守；但明朝在四川的军力相对薄弱，而且天府之国物产丰富，可作为我们建国后的重要后盾。”张献忠听后，觉得颇有些道理，但他仍十分纠结。汪兆麟知道张献忠十分迷信，于是找来占卜师，以南京和四川两地进行占卜，结果得出入川建国为大吉之兆。不仅如此，张献忠部队前期曾多次入川作战，对四川的风土人情和山川地形非常熟悉，于是终于下定决心进入四川建国。
崇祯十六年（1643年）十二月，张献忠率领60万大军从岳州（今湖南岳阳）出发，渡过长江，浩浩荡荡向四川进发。次年正月，农民军攻克夔州（今奉节），进入万县，由于洪水暴涨，于是滞留三月。
在张献忠入川的同时，北方大地也进入了重要的历史转折时刻。1644年正月，李自成在西安称帝，定都西安，建国号“大顺“。随之亲率大军直逼京城北京，沿途的大明守军纷纷投降。三月十九日清晨，明朝兵部尚书张缙彦主动打开北京正阳门，迎李自成部队进入京城。绝望的崇祯，在太监王承恩的陪同下来到煤山，在蓝袍上写下遗书：“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”随后，主仆二人在一颗大树上自缢身亡，崇祯时年33岁。至此，明朝灭亡。四月，李自成在山海关被吴三桂与多尔衮率领的清兵联军击败。李自成对北京烧掠一番后逃回西安，清军随后入驻北京。五月，明朝福王朱常洵之子朱由崧于南京即位，即南明弘光帝。
远在南方的张献忠在万县修整一番之后，继续向重庆进军，随后连克梁山（今重庆梁平县）、忠州（今忠县）和涪州（今涪陵），击败总兵曹英，攻破佛图关。明朝四川总兵、传奇女将秦良玉率兵迎战，因寡不敌众，被张献忠击败。农民军随之攻克泸州，并于六月二十三日攻入重庆。从汉中逃来重庆的瑞王朱常浩、四川巡抚陈士奇、兵备副使陈纁、知府王行俭等一批明朝宗室和官僚，被农民军俘获后处死。

七月初四，张献忠命刘廷举留守重庆。他亲自率军，兵分三路向四川首府成都挺进。沿路州县皆望风瓦解，成都城内惊恐不已。蜀王府上下皆打算携金银财宝逃至滇黔一带，结果被当地官员以动摇民心为由阻拦而无法离城。接替陈士奇的四川巡抚龙文光见成都情况危急，调集总兵刘镇藩及附近土兵守卫成都，自己也引兵三千，由顺庆（今四川南充）驰援成都。一时，明朝援军纷纷向成都集中。张献忠派部下伪装成明朝援军，一起混入城中，龙文光对此并无觉察。
八月五日， 张献忠指挥农民军骑兵从资阳、水兵从新津抵达成都城下。情急之下，龙文光悄悄派人趋往都江堰，打算将堤堰决口，将岷江之水灌入成都城壕以求自保，却遇到义军阻击。八月七日，张献忠率义军从四面围攻成都。前期混入城内的义军内应点燃钟鼓楼，成都守兵惊慌之下纷纷逃散。八月初九，张献忠为速战速决，再次运用攻克重庆城墙的成功经验，派人在城墙下悄悄掘出地道，填满火药。义军在点燃火药前纷纷退去，成都守军见此兴奋不已，正要庆祝，忽然一连串巨响，城墙被轰然炸开一个缺口，义军从西北角锦江楼纷纷涌入成都。此时都江堰的大水已到城下，但为时已晚。蜀王朱至澍、太平王朱至渌、内江王朱至沂等在绝望之下投井自杀，明朝四川巡抚龙文光、按察副使张继孟等官员因拒不投降，均被张献忠下令处死。巡按御史刘之渤本是陕西凤翔人，张献忠念其同乡，打算用之。刘之勃反而劝说张献忠，求他“改邪归正”，不要杀害百姓，并辅立蜀王世子为主。张献忠哪能听得下去，愤怒之下将其杀害。
在此期间，从北京逃回陕西的李自成在清兵的步步追逼之下，也派部将马珂率军进入四川东北地区，攻陷明军把守的顺庆（今南充）。九月，李自成命马珂据守绵州（今绵阳），张献忠派艾能奇进攻马珂，结果战败。张献忠于是亲自指挥作战，马珂大败，退守汉中。十月，张献忠部下李定国攻克保宁（今阆中）；孙可望攻下龙安（今四川平武县），留下王运行守城，又率兵攻克茂州（今四川汶川、茂县等地）。接着，艾能奇攻克雅州（今雅安）。至此，张献忠控制了四川大部地区。
1644年农历十一月十六日，张献忠在成都称帝， 建国号“大西”，以成都作为西京，以原明蜀王府为皇宫，登基称帝，被官员百姓称为“老万岁”。此时的中国大地，张献忠在成都建立的大西、李自成在西安建立的大顺、弘光帝在南京建立的南明，以及入主北京的清朝，开始形成“四足鼎立”的局面。

图7-4-1 1644年十一月全国形势图
大西政权组织结构中主要包括：张献忠分封四名义子为“四将军”，其中张可望（本名孙可望）为平东王，张定国（本名李定国）为安西王，张文秀（本名刘文秀）为抚南王，张能奇（本名艾能奇）为定北王。四王各领一军，分据各方要地。此外，还设置左右丞相，六部尚书等文武百官，其中左丞相汪兆麟，右丞相严锡命，王国麟、江鼎镇、龚完敬等为尚书。大西政权还颁行《通天历》，设钱局铸造“大顺通宝”作为通行货币。此外，开科取士，选拔进士三十人，被派往各郡县为官。大西政权还宣布，对西南各族百姓免除三年租赋。张献忠在政治方面采取高压手段，严厉镇压前明残余复辟势力的军事叛乱行为，不许擅自招兵、擅受民词、擅取本土妇女为妻等等，违者严刑正法。同时，大西政权加强内部整肃，两任礼部尚书吴继善、江鼎镇，兵部尚书龚完敬，张献忠的义子、神策营都督张君用等皆先后获罪被杀。
然而，张献忠与李自成一样，并没有像朱元璋那样让自己从一位农民起义领袖真正转变为一名政治家，无论是战略眼光、对下属的管理、以及任用人才与治国之道，皆无法突破其自身的局限性，很快便走向绝境。
大西政权建立后，面对的主要压力包括：内部叛军、南明残余势力、地方地主武装相互串连，尊奉并联结南明政权进行对抗；北边邻居李自成的虎视眈眈；已逐渐逼近四川的清朝军队。
大西刚刚建立不久，川东北的保宁府（今阆中）由大西骁骑营都督刘进忠据守，而马元利则率军攻取顺庆（今南充）并负责驻守。为求发展，张献忠对北面的李自成势力也开始采取主动攻击态势。汉中自古以来便是四川北出的咽喉要道，当年刘邦从这里出击关中，进而逐鹿中原；刘备刚刚建立蜀汉，第一战便是攻下汉中，张献忠深知其中要害。1645年元旦刚过，张献忠想起了三国时期的“隆中对”，对部下们说道：“三国以来，汉中就属于四川。今天，我们定都四川，如果不拿下汉中，难免他人‘得陇望蜀’啊！”于是张献忠亲率大西军主力北上，攻打大顺占据陕西汉中地区。开始张献忠的大西军进展十分顺利，主力先锋李定国（张定国）迅速打败大顺大将韩文而占据汉中。但随后李自成派大顺名将贺珍率部迅速救援汉中，先在褒城打败并生擒大西虎威将军张能第，后又两次打败大西军主力李定国部，最终迫使张献忠不得不退回西川，占取汉中的计划也宣告破产。
汉中之战前期，张献忠曾率军途经梓潼七曲山，还发生了一件趣事。七曲山是梓潼神、文昌帝君张亚子的庙祠。张献忠仰视神庙，看见题额上的张亚子大字，为了提升自己的形象和地位，他便主动认亲，说道：“张老夫子姓张，我也姓张，他可是我的祖宗啊！“于是，张献忠为张亚子上尊号“始祖高皇帝”，并命人修庙刻石以便祭祀。
除李自成外，张献忠也不得不与南明势力展开对抗。就在张献忠大军进军成都的同时，南京的南明弘光政权任命四川巴县人王应熊为兵部尚书，坐镇遵义，总督四川、湖广、云南、贵州四省军务。又任命四川叙府人樊一蘅为兵部右侍郎，总督四川、陕西两省军务，命其纠集在四川的残明势力，集中对付张献忠。四川各地的明朝旧部曾英、李占春、于大海、王祥、杨展、曹勋等人死灰复燃，纷纷聚集兵马，联结地方势力，袭击大西农民军，屠杀大西政权地方官员，给大西政权带来巨大威胁。

这些南明势力在四川境内主要来自三个方向：
（1）川南杨展： 在张献忠军攻陷成都之前，从各地赶来救援的明朝官军，大部分或死或降。明军总兵刘镇藩率部下突围，本人受伤后投浣花溪而死，其2000余名部下溃围而出，驻扎于新津县宝子山渔波桥，等待刘镇藩旧将收编。此后，刘镇藩的裨将杨展将趁此机会大放异彩。杨展，字玉梁，四川嘉定（今乐山）人，武艺高强，明崇祯十年（1637年）武进士第三名。张献忠围攻成都时，杨展与曹勋率精兵三千守卫成都，个人斩敌二十余人。张献忠占领成都后，杨展被农民军俘获，被押往城外进行问斩。刽子手见他身上的战甲光彩艳丽，便向杨展问道：“ 老哥，你将要死了，可惜了你身上的这身锦甲，不如你将它送给我吧！” 杨展灵机一动，说道“ 没有问题，但我有个请求，我死后想得个干净身，不想将尸首狼藉于地上，就麻烦你让我葬身于河中吧！”刽子手不知是计，便将他带到河边解绑，准备剥掉他的战甲后行刑，杨展趁其不备，夺刀后将两名刽子手反杀。杨展乘机跳入水中，不知去向。杨展脱逃后，经新津逃到嘉定，刘镇藩部下的这股残余势力，便奉杨展为参将，杨展于是展开与大西政权的持续对抗和报复。不久，杨展袭取嘉定府（今四川乐山）。弘光元年（1645年），在南明樊一蘅、马应试、余朝宗的协作下攻占叙州（今四川宜宾），大败张献忠部将冯双鲤。后被张献忠部将孙可望接连击败，退守贵州仁怀。杨展随后拜见了坐镇遵义的南明兵部尚书王应熊。后与皮熊收复永宁（今四川叙永），合兵八万，屯聚鱼腹关，偷渡合江（今四川合江县），直逼嘉定。杨展大败张献忠部将梁一训于纳溪（今属四川泸州）。1646年，击败张献忠大将刘文秀，收复嘉州、邛州（今邛崃）、眉州（今眉山）、雅州（今雅安），直逼成都。
（2）川西曹勋：明参将曹勋，字宇功，黎州（今四川汉源）人。力大善射，世袭指挥，明末被授为川北坐营参将，与杨展私人关系交好。张献忠围攻成都时，曹勋率兵支援成都。成都失陷后被义军擒获，后循了个机会成功逃脱。逃回家后，曹勋在大渡河被明朝残余势力推举为帅，镇守于荥经。曹勋推举明朝宗室富顺王之子、镇国将军朱平檙为蜀王，被升为副总兵，后攻破雅州（今雅安）。此后盘踞于洪雅、荥经等地，同大西军在大渡河一带展开战斗。
（3）川东曾英：1644 年七月，张献忠攻下重庆后继续西进。八月，成都陷落后，四川巡抚龙文光战死，马乾任副都御史，代理四川巡抚。1645年，马乾与参议冯良谟派遣副将曾英率于大海、李占春、张天相等人率军收复重庆，大西重庆守将刘廷举败走。马乾驻守重庆，曾英驻守佛图关。马乾又命总兵李孝立攻取遂宁，遂宁本为产盐重地，于是马乾以遂宁盐业收入作为军费开资，一时川东明军兵盛粮足。张献忠认为“重庆要害之地不可失”，命令义子刘文秀率军3万水路并进夺取重庆。1645年二月，大西军抵达合州（今重庆合川），占据多功城（今重庆渝北区鸳鸯镇翠云山顶）并建立军事要垒。南明曾英与参议刘麟长自遵义赶赴前线救援，曾英命部将于大海、李占春抵挡大西水军，张天相抵挡陆军，自己率领轻骑五百败大西军于多功城，又绕道其后，大破敌军于亭溪，斩大西军都督张广才，刘文秀败走。刘文秀部将又转而进攻嘉定（今四川乐山），亦被杨展军挫败。大西失去川东要地后，曾英名声大躁，威震川东。
此时的张献忠还不得不时刻面对统治地区内随时可能出现的官员、百姓的反叛。张献忠占据四川后，以高压手段进行威慑官员属下和平民百姓，对于新依附的不坚定的官员和将领进行肃清处决，对于不听话的百姓大开杀戒。如此以来，不仅未能稳定社会秩序，反而使得官吏、生员、百姓、军队人心疑惧，人人自危，于是这些人为了自保，开始与明朝残余势力进行联结，反抗大西。各地军民的反抗，反过来又加深了张献忠的愤怒和仇恨，于是变本加厉地进行屠杀，而屠杀又进一步刺激军民更强烈的反抗。如此恶性循环，无法自拔。

最先是峨眉发生告变。明将王祥在遵义起兵、杨展在犍为起兵后，在他们的煽动之下，峨眉万年寺僧众也联络地方势力，斩杀大西官员，起兵反抗。张献忠派兵进剿，反被击溃，一时叙州（今宜宾）、嘉定（今乐山）各地尽失。1644年十一月，大西军上南道地方官郝孟旋叛归南明，邛崃、雅安一带地主绅士也竞相归附南明。
此外，川北之地也因反生反叛而告失。1645年十月起，原大西政权的地方官熊应瑞发动反叛，占据了川北重镇顺庆（今南充）。在川北各地，涂抹大顺年号、改为弘光年号的事件屡屡发生。叛军对于大西军所设置的官吏，有的被刺杀于府衙或家中，有的被投入水火之中，有的到任两三日便被杀害，甚至有一县在三四个月内有10余名大西官吏被连续杀害。早先覆灭的残明势力卷土重来，与这些各地武装相互呼应和联结，对大西政权形成巨大威胁。
此时的张献忠的大西政权，总结起来便是“内部崩塌，外部紧逼”，灭亡或许是其最终的宿命。然而，北方的邻居李自成却在清军的步步追逼之下，“先人一步”而去！1644年，李自从北京回到陕西后在清军面前节节失利。1645年正月，潼关失守，李自成放弃西安，遁走东南 。四月，清军在湖北、江西大败大顺军，切断李自成东下去路。五月初，大顺军到达湖北通城九宫山麓时，李自成率轻骑20余人登山探路，被当地民兵武装姜大眼袭杀，一代农民起义领袖、明朝的掘墓人就此陨落。李自成死后，大部分余部转入川东北和夔东山区成为“夔东十三家”，与“西山十三家”、“摇黄十三家”等地方武装力量，互为融合，依附南明，继续抗清。
此外，南明政权也处于风雨飘摇之中，1645年五月仅仅在位一年的弘光帝被清军俘获，送往北京，弘光政权覆灭。1645年闰六月，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福州监国称帝，年号隆武，史称"隆武政权"或"唐王政权"，并迅速得到各省的承认。
1646年初，清军进入陕西后，于五月初改派肃亲王豪格为靖远大将军，和吴三桂等统率满汉大军进剿张献忠。五月初五，豪格率部由西安向汉中进发。五月十八日，清将尼堪抵达鸡头关，击败驻守当地的大西军；清军抵达汉中后，又击溃大顺残余势力贺珍所部。二十五日，豪格遣鳌拜、马喇希等分别于汉中、西乡追击大顺残余贺珍、孙守法部和刘体纯部（后来的“夔东十三家”之一）。
与此同时，南明杨展领兵收复川南各地州县，挥师北进，直逼大西的大本营成都。南明总兵曾英、参将王祥也从川东方向合兵紧逼成都。
面对南明与清朝的夹击，大西的地盘越来越小，张献忠如坐针毯，深感危机可能很快到来，不得不开始考虑后路。张献忠自起兵以来，在全国各地搜刮了巨量的金银财宝，财富甚至远远超过明朝的崇祯朝廷。据说，大西刚刚建立时，张献忠曾在成都举行过一场“斗宝大会”，他将24间屋子堆满各种奇珍异宝，大肆炫耀自己的财富。各种金银首饰、玉器珠宝、金锭、银锭竞相斗艳，目不暇接，观者无不瞠目结舌。据学者估计，张献忠称帝后，其白银至少有数千万两，如果按照一两白银相当于今天600元的购买力进行换算，张献忠的财富则达到数百亿人民币，可谓富可敌国。

此时的张献忠或许想过，如果再这样下去，自己很可能会命丧四川，那些冒着生命危险造反而抢来的巨额财富最终也将归于他人，不如带领亲信精锐离开四川，在川外找个地方隐姓埋名，好好享受生活。然而出川的道路历来只有两条，北出汉中，可那里是陆路，不易运输，而且陕西是清军的地盘，自然不在考虑范围。因此长江水路是唯一、也是最好的选择。
1646年七月初，张献忠调集成都10余万精锐，战船千艘，并将成都府库中所存的金银财宝和大量粮草辎重悉数装上了一百多艘大船，做好了放弃成都、沿长江进入湖北的准备。屯兵于彭山的杨展得知消息后，决定在离成都约60公里的彭山沿江一线至江口两岸布置重兵和战船，设下埋伏，阻击大西军。不久，大西船队蔽江而来，准备出江口进入岷江。等待在此的杨展大军突然发起攻击，大西军仓促应战。杨展另派若干小船，满载火器和大量可燃物资，准备攻击义军船队。双方交兵之际，正好狂风大作。杨展见此良机，命令自己的战船从两翼排开，中间派早已准备好的火船发动正面冲击。火船顺风冲入大西军船队，大西船只纷纷着火，顿时一片混乱，只得掉头向江口回撤。但由于江岸狭窄，各船首尾相接，根本无法进退，再加上火势更猛，大西军全线溃败。在大火蔓延，以及杨展军的流矢、枪铳攻击之下，大西士兵自相践踏、纷纷落水。最终大西士兵死伤过半，船只尽数烧毁，满载金玉珠宝及军需物资的船只也尽悉沉入江底，张献忠只好率领残军逃回成都。当然，也不排除，张献忠见局势无法挽回，为了不让金银财宝和辎重落入杨展之手，便主动让人凿沉船只，最后再行撤退。
杨展虽大获全胜，起初却并不知道张献忠竟然带了如此之多的金银财宝。《荒书》中有记载，杨展后来听说渔民从江中打捞出不少东西，方才恍然大悟，于是派人在江口打捞出巨额金银财宝。《蜀难叙略》中另有记载，杨展是从大西军中逃出来的渔民那里得知此事，便组织士兵进行打捞。而且打捞方法很巧妙：针对木鞘装银的特点，用长枪 “钉而出之”，所获巨大。原来，这与张献忠封装银两的方法有关。据说张献忠派人在川西地区砍下当地生长的一种青杠木，这种青杠木质地非常坚硬。木匠将青杠木的躯干劈成两半，在中间挖出凹型的空心槽，然后将银金填满其中，再用另一半带有空心槽的青杠木与之闭合，再进行封装。

杨展靠着这一批飞来横财作为军资，使自己成为南明在四川最富足的一支军事势力，“自是富强甲诸将”，杨展占据的嘉定（今乐山）一带也成为当时全蜀唯一没有发生过饥荒的地方。几年后，杨展被南明李乾德、袁韬、武大定设计杀害，收编了他的地盘和军队。他们为了找到张献忠留下的金银财宝，严刑拷打杨展的夫人，但毫无收获。从此，这批财宝也成了一个谜。
顺治三年（1646年）七月，大西军南下长江被杨展在彭州击败后，张献忠决定放弃成都，北上陕西与清军决战。出发之前，张献忠无法携带巨额的金银财宝，于是想法进行最后的处理。《明史》、《蜀难纪略》等记载了张献忠“锦江埋银”一事。不过，各种史料对“埋银”发生在彭州之战前后各说一词，已无法考证。据说，张献忠出发之前决定将搜刮来的大量金银财宝埋在锦江之底，一是不希望落入南明和清军之手，二是希望将来或许还有机会重新从锦江挖出这些宝物。张献忠于是招来大批工匠，在锦江埋银处的上游修筑了一条堤坝。江水断流后，再在下游断流处深挖出了几丈深的坑穴，将多年来抢掠的财务掩埋在坑穴内，然后再行掩盖。最后再将堤坝掘开，恢复锦江原样。事后，张献忠下令处死了参与埋银的所有工匠。
这次北出，张献忠并没有多少自信，但已别无选择，在他内心，或许已做好与清军以死相拼的准备。张献忠离开成都前，将妻妾全部杀害，另有一子尚幼，也将幼子杀掉。面对可能的死亡，张献忠说出了他内心深处联明抗清的“大义”想法，他认为这是他死后的大西政权唯一的出路和选择。他对义子孙可望（张可望）说道：“我一世英雄，死了算不得什么，但决不能留下幼子被敌人所擒，我死后你就继承大西的军队。明朝三百年正统，气数未必就到了尽头，这或许也是天意吧。如果我死于这次作战，你率领大家尽快归附南明，共同抗清，否则就是不义！”随后，张献忠命令四位将军，兵分四路，各领兵十余万先行向陕西进发。九月，张献忠下令一把大火烧了整个成都城，率部北上迎击清军。十一月，张献忠率领数十万大西军扎营于西充凤凰山。

十一月，豪格率清军抵达四川南部县。此前，保宁府（今阆中）由大西骁骑营都督刘进忠驻守。刘进忠素来不满张献忠的“暴政”，曾极力劝诫张献忠减少杀戮，多施仁政，但张献忠并未听取，反而对刘进忠产生猜忌。张献忠向来厌恶川人，也对川人有过不少杀戮，因此军中很少用川兵，而刘进忠属下川兵不少。刘进忠心里对张献忠既有不满也有畏惧，很多时候甚至不得不向张献忠“撒谎”，以便蒙混过关。面对如此境况，刘进忠怎能死心塌地地忠于张献忠呢。不仅如此，张献忠一直喜欢用陕西粗话在圣旨中大骂下属，刘进忠也算是其中一个，这在中国历代的皇帝中也算是个奇葩。《明季南略》中记载，一次刘进忠在汉中打了败仗后，正在遂宁，忽然张献忠的诏书传到。刘进忠立即传令官绅、士民一齐到郊外迎候。钦差到达后，大家拜礼结束，便命生员登坛开读诏书，官民跪听。大家随之便听到台上宣读：“奉天承运皇帝诏日：咱老子叫你不要往汉中去，你硬强要往汉中去，如今果然折了许多兵马驴毡子，入你妈妈的毡 ! 饮此！ ”圣旨极具陕北方言与张献忠惯用的骂人特色，宣读完毕，文武士民还一齐向上叩首，并山呼“万岁 ”，然后射恩而退，场面既庄严又滑稽。面对如此堂而皇之地在诏书中骂人，刘进忠当然无法继续忍受。不久，刘进忠反叛大西，先在合州（今重庆合川）同南明曾英勾结，发现南明军也尽是些烧杀掳掠之徒，于是又出走保宁（今四川阆中），投降了清军统帅豪格。
顺治三年（1646年）十一月二十六日，豪格以刘进忠为向导，派护军统领鳌拜等将领作为先锋，分率八旗护军星夜兼程，轻装疾行，准备对大西军发动突然袭击。二十七日凌晨，清军抵达西充太阳溪附近。当时大雾弥漫，大西军哨兵称大营后方有盔甲之声，可能有敌情，张献忠认为这根本不可能，是哨兵在煽动军心，于是下令将几位哨兵处决。然而没过多久，清军还是到了。
张献忠由于毫无防备，听到敌军杀到营门，还以为是南明或其他敌寇。面对意外的突然袭击，张献忠临急应战，指挥农民军马步兵分两面抗击清军。这时，清军统帅豪格率主力军相继赶到。豪格遣参将格布库等进攻大西军右翼，都统准塔攻击大西军左翼。战斗极其惨烈，双方损失惨重，清军将领格布库等也被大西军击毙。
当时两军仅隔一条太阳溪，张献忠穿着蟒衣，带着弓箭，腰上插着三只箭矢，领着牙将赶往河边指挥战斗。刘进忠认出张献忠，急忙向清军将领说道：“他就是八大王张献忠！”张献忠正要张弓搭箭，却被清将雅牙兰先行射中（另说是被豪格或鳌拜射杀），当场阵亡，时年40岁。
大西军见此情景，顿时溃不成军，纷纷败逃。清军趁机追击，连破136座大西军营。张献忠义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等收集余部，率领主力由顺庆（今四川南充）南奔出川，于1647年初进入贵州。

此时的南明政权也岌岌可危。1646年农历八月底，清军进入福建，唐王隆武帝朱聿键在汀州被掳，绝食而亡。十月十四日，南明遗臣与广东肇庆推举宗室朱由榔（万历帝朱翊钧之孙，桂端王朱常瀛之子）监国，十一月十八日朱由榔即位，是为永历帝。
大西残余势力按照当初张献忠的“遗命”，拥立孙可望继任大西首领，于1649年联合南明永历帝朱由榔，于川滇黔地区坚持抗清十几年。
在后来的历史记载和民间传说中，张献忠在四川有两件最重要的事情：江口沉银与屠蜀。
张献忠覆灭后，四川地区一直流传着一句寻银口诀：“石牛对石鼓，金银万万五。谁能识得破，买到成都府。”《彭山县志》记载乾隆五十九年（1794年）冬，有渔民于江口河中捞得刀鞘一具，转报四川总督孙士毅。孙士毅派人赴江口打捞数日，获得银钱万两，以及一些珠宝玉器等物。《清文宗实录》记载咸丰三年（1853年）翰林院编修陈泰初上奏：“曾亲眼看见彭山居民在江中打捞到‘其色黑暗‘的银子”。于是朝廷令成都将军裕瑞搜集江口沉银线索，悉心查访，设法打捞，但最终未有实际收获。2015年5月，彭山警方抓获了一批江口文物盗窃案，涉案珍贵文物多件。2017年，四川文物考古研究院正式启动江口沉银遗址的抢救性考古发掘工作，3万多件相关文物持续浮出水面，一些由青杠木封装的银锭也被发掘出来，印证了江口沉银这段历史。
此外，关于锦江埋银，也有一些线索。1937年冬，以外号“哈儿师长”范绍增为首的川军将领为了筹集抗日经费，组建了锦江淘金公司，目的便是寻找张献忠在锦江的沉银。这个想法源自一张来自民间的张献忠藏宝图。淘金公司按图索骥，在望江楼一带的锦江进行了挖掘工作。锦江公司前后折腾了一年多，竟然真的从江心挖出一头石牛和一个石鼓，以及几箩筐价值不高的“大顺通宝”铜钱。发掘工作令大家大失所望，淘江公司随之关闭。约30年后，1975年4月上旬，有人在望江楼附近的锦江岸边，发掘出张献忠大西政权铸造的“大顺通宝”铜钱10多公斤。1976年2月，又有人在南郊永丰乡农田中，挖出“大顺通宝 ”铜钱1公斤。虽然在锦江一带没有发现传说中的巨额金银财宝，不过，张献忠锦江沉银基本得到验证。或许在此之前的约300年间，宝藏已被其他人捷足先登。

除沉银外，各种野史及史料关于张献忠屠蜀也有着重描述。
相关野史有记，张献忠屠蜀的主要原因源于他十分厌恶四川人，而他为何如此憎恶四川人呢？据说张献忠发动起义后，某一次率领部下驻守于湖北与四川交界处的碚石境内。有一天，张献忠走出大营，找了个隐蔽之处开始大便。此时山风徐徐，凉爽怡人，漫山遍野，花草争艳，蝴蝶翩翩起舞。面对此情此景，一向粗俗豪爽的张献忠心情大好，不由得一边哼起了家乡的秦腔，一边畅快淋漓的排着大便。当时擦屁股的技术还没有发展到今天用卫生纸这么发达。张献忠排完大便之后，顺手伸到四川境内撸了一把草叶，打算擦掉屁股。没想到一把下去，抓到一簇荨麻，顿时疼得他破口大骂。荨麻是一种“狡猾”的中草药植物，枝叶间长满着一种柔软的细刺，遇到人禽接触，便会蜇人，感觉与蜜蜂蜇人有些相似，痛痒无比。张献忠没办法，又将手伸到湖北境内扯了一把草叶，这回终于没有被刺到。回到大营后的张献忠向身边的人问起这事，身边的人告诉他，这种草在四川被称为藿麻。张献忠顿时火冒三丈，气冲冲地说：“咱老子早就听说四川人狡猾厉害得很，没想到连草都这么欺负人！看咱老子怎么好好收拾你们！”
此外，还有一则故事。据说张献忠儿时曾随父亲来到四川内江贩卖大枣。来到市集后，父亲把驴子拴在一家绅士门前的石牌坊旁。没想到驴子在石柱上拉了不少粪尿。绅士于是命仆人鞭打驴子。张献忠父亲一看，赶紧赔礼道歉，绅士不依不饶，要求张父必须将驴粪收拾赶紧才能走人。张献忠和父亲人生地不熟，不敢争辩，只好老老实实把驴粪清理得干干净净后才得以脱身。张献忠临走时发誓道：“将来咱老子如有机会再来这里，定要把这些驴杨的杀尽，方解我心头之恨！”后来，张献忠终于等到了这个机会。
张献忠进入成都后，曾有两位传教士进入大西政权任职，与张献忠有过一些交集，算是大西政权的亲历者。当时意大利耶稣会教士利类思于1637年来华，与葡萄牙教士安文思一同在1642年进入四川传教，与明朝成都知县吴继善有过交往。1644年张献忠占领成都后，建立大西政权，吴继善投降大西，任礼部尚书，并向张献忠推荐这两位牧师。他们于是进入大西阵营，受到一定尊重和任用，负责搞一些如钟表、地球仪等西方的科技玩意。二位传教士目睹了张献忠的所作所为，其中不乏种种惊险遭遇。1646年张献忠在西充凤凰山中箭身亡，两位牧师被清军俘虏，先到西安，后于1648年到达北京，受到顺治皇帝的礼遇。安文思后来写下《张献忠记》，交给耶稣会神父。1866年，法国牧师古洛东来到中国，见到这个手抄本，便着手进行翻译并加以注释，于1904年写成《圣教入川记》一书。由于外国牧师的特殊身份以及本书面世的特殊过程，基本排除了清朝时期的“政治影响”，因此内容相对客观可靠。

牧师在书中记载张献忠曾大杀僧俗：“张献忠占据蜀川，虐杀僧道。”而中国人费密在《荒书》也有对应的记载：“献贼之据成都，日取人而杀之。先杀卫所指挥千百户，后杀僧人、道士、匠作、医士，皆令州县解入成都。杀则投南门外大桥下 。”
牧师也曾亲眼见到张献忠性格残暴好杀的一面，《圣教入川记》中写到：“二人亲见献忠震怒，七窍生烟 ......野心难化，喜怒无常，咆哮如虎，怒骂之声，远近皆闻.....献忠性情残暴,稍有不顺，狂怒随之，或刑或杀，视人命如草芥....或令绞死、斩决，凌迟碎剐，种种虐刑，令人寒心”。《献贼纪事略》也有对应记载：“忠怒气冲天，须发为竖，咆哮之声，彻于街衢 。”计六奇在《张献忠乱蜀本末》也写道：“献忠暴狠嗜杀，鞭挞无虚刻。即左右至宠至信者，少失其意，即斩刈如草芥。”李馥荣在《滟灏囊》写道：“贼屠戮经过，斩首、割耳、剁手、剥皮，种种残忍，见者闻者无不酸心”。
礼部尚书吴继善也因写祭天文，没能达到张献忠要求，而被处以刮刑。牧师记载 ：“吴继善以细故触怒献忠，即受虐刑毙命。”《鹿樵纪闻》中也记载：“前县令吴继善降贼，授伪官，一日为贼写祭天文，其纸中接。贼见之，怒日：‘若不欲我一统乎?’立剐之 ”。
1645年底，张献忠因镇压各地叛乱受挫，性情暴躁，曾大肆屠戮川人。牧师记载道：“献忠深恶川人。以为汉中及各处之败，皆由川人使之，故杀川人十四万之多。拟将川省变为旷野，无人居住 ......探知人民避迹山洞岩穴者，皆擒而杀之 。”顾山贞在《客滇述》中也有记载：“又发兵四出，搜各州县山野，不论老幼男女，逢人便杀，如是半载。......献忠又令其众遍收川兵杀之，及其妻子男女，惟十岁以下者，仅留一二。四川之祸，屠城屠堡、屠山屠野、屠全省，甚至千里无人，空如沙漠。”吴伟业在《绥寇纪略》中记载：“搜岩洞，发窟室，登高处以望突烟。”
张献忠也曾在成都城中也大肆杀戮，牧师记载：“驱百姓到南门就刑。时利司铎（利类思）在南门上，安司铎（安文思）在东门上，见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠，心如刀割......安司铎见献忠大杀之后，不禁凄凉，乃漫步而回。是时日落西山，正直黄昏之际，见道旁死尸狼藉，其中尚有小孩呻吟者。”刘景伯《蜀龟鉴》记载：“复屠成都.....诡日：天书降，令我剿绝蜀人，违者门诛 !十人一缚，驱至中园杀之.....所在震粟。人民千百罗跪，贼数十人次第斩之，无一人敢起立者。”

1646年底，张献忠离开成都北攻清军前，曾烧杀成都。牧师记载：“献忠由川往陕，离成都时下令将皇宫焚毁。在城外见浓烟腾起，火光烛地，大为狂喜。复令全城四面纵火，一时各方火起，公所私地，楼台亭阁，一片通红，有似火海。大明历代各王所居之宫殿，与及民间之房屋财产均遭焚如。转瞬间，川中首城已成焦土，实属可惜。”《鹿樵纪闻》也记载：“贼毁成都，焚蜀府宫殿，及未尽民房；火不能毁者，聚薪发炮，必裂碎之而后已。成都有大小城，相传张仪所筑，刘先主复修之；瓷以巨石，贯以铁维，雄壮甲天下，宫室之盛，拟于京师，一旦变成瓦砾。”
《蜀碧》、《明史》等资料记载，大西唯一的武状元张大受则死得更冤。张献忠建立大西后，曾开科取士，成都华阳人张大受得中武状元。他年不满30，身长七尺，生得一表人才，气宇轩昂，善弓马，可谓文武双全、青年才俊。张献忠得此人才，喜不自禁，又是赏金，又是赐宴，而且还召来画工为张大受画像，最后还赏赐美女4人、甲第1座和家丁20人。第二天，张大受打算进殿向张献忠谢恩，顺便表达一下忠心。坐在龙椅上的张献忠听说状元来了，突然不知哪根神经发着，用地道的陕西话说道:“这驴养的，老子爱得他紧，一见他心里就更是爱得不得了。咱老子有些怕看见他呢。你们快些给我把他收拾了，不可叫他再来见咱老子！”于是，张状元还没进入大殿，可怜一家老小尽被斩杀，死得不明不白。如此奇葩的事，或许只有张献忠才能做得出来。
两牧师总结大西政权起初“在朝之官，统计千人；离川时亦有七百人；临死时仅有二十五人。皆因献忠残暴过甚，杀人亦多。或命死于刀下；或令鞭死；或令将头皮揭去；或凌迟碎剐种种非刑，一言难尽 ”。
从明末农民起义开始，至清朝统一之初，四川人口锐减，各地人烟罕至，仅有少部分人避居在深山老林，土地无人耕种，到处一片荒凉。据康熙二十四年（1684年）人口统计，四川入册人口仅剩9万余人。《中国人口史》也另有说法，四川人口数量从崇祯三年（1630）的735万锐减到清初的50万左右。不论各种史料记载如何出入，明末清初四川人口锐减是不争的事实。以清廷为主导编撰的《明史》等资料将四川人口凋敝归咎于张献忠的屠杀，甚至因此而爆发“文字狱”，逼迫文人史官们不得不按照清廷的意图去编写这段历史。从客观分析，将责任完全归咎于张献忠屠蜀，主要源自“政治目的”，清廷为了体现自身政权的合法性而对张献忠进行“栽赃”，因此张献忠屠蜀这种说法存在一定的夸大成分。张献忠个人性格的确偏于残暴和变换无常，加上四川各地反叛屡屡发生，导致张献忠性格更加暴躁，发生不少杀戮行为。然而，张献忠死于农历1646年十一月二十七日，而他死后的长时间内，四川地区仍然战乱不休，南明爆发激烈内战，以及南明联合大顺、大西残余以及“夔东十三家”等势力与清军进行多年对抗，直到1665年才得以平息。不仅如此，1673年，吴三桂因不满康熙削藩，发动“三藩之乱”，在四川等地与清军进行了数年的战争，直到1679年清军再次收复成都。由此看来，导致四川人口凋零的根本原因主要是因为四川历经约30多年的频繁战乱，而参与的各方势力皆负有客观责任。在这段时期，义军与明军相杀，清军与明军相杀，明军与明军想杀，义军与清军相杀，义军与义军相杀，义军联合明军与清军相杀，清军叛军与清军相杀，如此长年混战，社会法制和次序已经失效，加上土匪横行，民间人杀人、人吃人也是常事，人命皆如蝼蚁，此外还有饥荒、虎患、瘟疫等，怎能不让巴蜀生灵涂炭，落为人间地狱。
——本节完——

最后一章内容预告
第八章 清
第一节 山河皆残破，清军入巴蜀
第二节 历时百年余，湖广填四川
第三节 总督丁宝桢，治川十余年
第四节 保路运动起，清朝向衰亡

第一节 山河皆残破，清军入巴蜀
1646年农历十一月二十七日，张献忠在西充凤凰山战死后，大西余部在其义子孙可望、李定国等“四将军”的带领下向南溃逃。孙可望等率领数万残军自顺庆（今南充）、定远（今四川武胜）突围后抵达重庆江北佛图关，准备渡过长江。南明的川东守将曾英率二十万大军负责阻击大西军。由于孙可望大军没有战船，加之两军兵力悬殊，信心满满的曾英对孙可望等人不以为然，命李定、余冲、陶可法将江中战船全部移至南岸。曾英有部下建议采取主动攻击策略，派一支轻骑袭击下游的大西军营，以便进行牵制，再另派一支主力军攻击对岸的孙可望主力。曾英并没有采纳此建议，而是计划等待孙可望军渡江疲惫时再询机出击。
然而，曾英并不知道，大西军的刘文秀擅长游泳，在水中行进如履平地。大西将领们经过短暂的商议之后，决定以刘文秀带领一支水性较好的人马作为前锋，徐湖等人随后，孙可望断后，如此首尾相顾，横渡长江。在渡江之战开始后，刘文秀部由于水性较好，成功躲避南明军战船，出其不意地对南明军发动攻击，曾英部下李定冲、胡鸣凤、李占春交战不利，刘文秀部趁势夺得几首战船。曾英率领数十艘战船，在江心围击孙可望军，艾能奇张弓搭箭，将曾英射落水中，年仅27岁、曾经威震川东的曾英战死。曾英阵亡后，失去首脑的南明军大溃，大西军乘势渡江，最终突围成功。
同月，张献忠的一名妻妾临产，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等“四将军”于重庆綦江与众将士同盟发誓，共同辅佐张献忠的遗孤。然而，生下来的却是一名女死婴。众人于是依照张献忠生前的嘱托，拥推孙可望继任大西最高领袖。
孙可望、李定国等人随后离开重庆继续南下，取道遵义，进入贵州。张献忠在世时的大西左丞相汪兆麟因为曾经挑拨离间，破坏内部团结，还唆使张献忠大肆屠杀、搞这搞那，最终造成今日的不利局面，军中上下对其无不恨之入骨。大西军逃至遵义桃源洞时，孙可望等人便处决了汪兆麟，同时处死了对张可望等“四将军”起掣肘作用的张献忠皇后，整饬内部纪律，统一了后期联明抗清的主导思想。

与此同时，清军趁势继续进攻四川各地，意图平定全川。此前的1646年九月，张献忠离开成都后不久，杨展便率南明军占领了成都，当时的成都已被张献忠烧得精光。张献忠于川北战死后，杨展听说清军即将到来，认为坚守成都这座荒城并没有多大实际意义，于是退守至破坏程度较低、兵粮充足的嘉定、雅州一代，将成都让给了清军。李国英率清军进入成都，他因进入四川有功被清廷升任为成都总兵。李国英看到成都城内全是残砖断瓦、满眼废墟，根本无法驻军，于是只留下张德胜带领少部分清军留守成都，自己则率军继续南下进军重庆。成都经张献忠的焚毁之后已经残破不堪，无房可住，于是张德胜让部下搭建草棚而居。
清军继续南下，先后占领重庆、遵义，南明将领王祥率军死守绥阳县，清军久攻不下。不过，张献忠之前的破坏策略却开始显示效果。据《荒书 》记载，1646年，四川由于战祸连连，田地已无人耕种，民间已无粮食收取，饥荒四起，甚至时常出现人吃人的现象。成都一带的残民大多已逃到雅州（今雅安）一带，靠挖野菜充饥，也有一些人流入当地土司为奴。道路上，只要有人刚刚死去，尸体上的腿臂、臀部等地方的肉很快便被残民割去充饥。清军面对如此荒残的四川，根本无法搜刮到所需的粮饷，后勤供应也随之出现问题，于是很快陷入窘境。川东的“夔东十三家”等盗贼武装相继依附南明势力，对清军发动了反攻，结果清军大败。清军成都守将张德胜不久也被部下反叛杀害，一时成都军民无主，相互残杀抢掠，食人充饥，甚至有人在城中看见有老虎出没，整个成都宛若人间地狱。
1648年，清军在南明和地方武装势力的联合攻击下，几乎失去整个四川，南明杨展率军收复成都。驻扎于重庆的南明川北巡抚李乾德及其心腹武大定、袁韬与李占春之间发生内讧而兵戎相见，加上前不久被清军在川东击败，武大定、袁韬在战败后溃逃途中一路抢掠搜刮，但由于兵多粮少，依然无法解决粮食问题。李乾德说服杨展，收留了前来投奔的武大定、袁韬，杨展还与武大定、袁韬结为异姓兄弟，并大力资助李乾德。不过这时成都已经荒芜残败，空无所有，无法满足驻军要求。杨展最初还能勉强按月运粮接济成都，最后只得令武大定移驻青神、袁韬屯守犍为。杨展性情向来傲慢，与南明的另一悍将王祥也产生过巨大的矛盾。杨展也与李乾德等人的死敌李占春关系很好，常有往来，因此引起了李乾德、武大定、袁韬的不满。李乾德与武大定、袁韬密议，打算除掉杨展。李乾德于是诈称寿宴，邀请杨展赴宴，准备择机除掉对方。袁韬妻子派人秘密告诉杨展有变，杨展不信，仍然率三百人赴了这场鸿门宴，结果被李乾德、袁韬抓获。杨展被捕后请求入山出家，袁韬打算将他释放，李乾德却说道：“缚虎容易纵虎难，事已至此，如放虎归山，必有后患啊！”于是杨展被袁韬等人杀害，一代南明传奇将领就此陨落，是年46岁。李乾德等人随即收编了杨展的部将和地盘，占据了嘉定府（今四川乐山）。南明上下震动，许多人为杨展鸣不平，李乾德也因此名声大损。杨展的儿子杨璟新此时正在眉山，知道父亲被杀，率领三百人突围后进入黎州（今四川汉源），结果被武大定击败。1650年，穷途末路的杨璟新于保宁投降清军。

顺治六年（1649年），大西残余势力在云南昆明称王，平东王孙可望成为最高领袖，尊为“国主”；安西王李定国、抚南王刘文秀改为“安西元帅”、“抚南元帅”的名义进行辅政（定北王艾能奇已于1647年战死）。自此，大西内部形成“三将军”领导体制。孙可望与肇庆的南明永历朝廷建立联系，双方准备联合抗清。不过，此时的许多西南地区南明将领似乎并不太接纳孙可望等大西残余势力，毕竟过去双方在四川一带杀得不可开交，已成“血海深仇”。
1650年，孙可望听说杨展已死，打算图取四川。孙可望于是上书永历朝廷，借以为杨展伸冤为名，派刘文秀和王自奇率军3万攻入四川。刘文秀与王祥战于乌江，王祥大败，退至遵义。刘文秀继续追击，王祥在穷途末路之际，自刎而死，刘文秀随之收复遵义等地。随后，刘文秀派卢名臣攻取重庆，而自己则亲率大军渡过金沙江，攻入建昌（今西昌），大破袁韬、武大定，迫使两人投降，进而夺取嘉定。进入嘉定后的刘文秀祭奠了杨展之墓，并抚恤了他的家人。
随后，刘文秀与卢名臣会师于涪州（今涪陵），进攻于大海、李占春。孙可望命张虎带着书信招降李占春，李占春以孙可望曾经杀害义父曾英为由，不肯投降。他说道：“你杀我义父，欺凌我朝天子，如果我投降了你，就是不忠不孝，与禽兽何异？”于是在敌众我寡的情况下，李占春与刘文秀军战于群猪寺。起初，李占春在水战中取得初步胜利，刘文秀率步骑四面围攻，李占春由于兵力较少，七日之后战败被俘。九月，李占春寻了个机会逃脱，一个人来到华山成为了一名道士。永历八年（1654年），清朝招降李占春，李占春不得已来到武昌，但不愿接受清廷官衔，后被杀害。李占春也算是南明的一代忠义之将。此外，拒不投降的于大海则率领残余逃入湖北，投降了清军。刘文秀攻下四川后，让白文选留守嘉定，自己则回师云南。

1652年，华南的南明朝廷在清军面前节节败退，永历帝朱由榔已到穷途末路。二月，孙可望、李定国将永历帝朱由榔迎入贵州，安置于安龙（安隆）。永历朝廷随之成为大西政权庇护下的寄生和傀儡政权。
1652年三月，清朝派平西王吴三桂和李国翰一起率军进攻四川，吴三桂很快攻陷保宁（今阆中），然后直抵川西，嘉定守将白文选败走永宁（今四川叙永），后退入贵州。吴三桂一路杀到川南，攻占了叙州（今宜宾）。
1652年四月，在贵州获得喘息之机的孙可望整顿兵马，率领二十四万南明军队主力誓师于贵阳，准备军分三路，大举北伐。其中：（1）中路军，由孙可望亲自为主帅，兵力十万，内有战象百余头，出贵州玉屏东进湖南；（2）东路军，由李定国为主帅，兵力八万，内有骑兵逾万，战象一百六十头，出贵阳黎平东征湖南；（3）北路军由刘文秀为主帅，兵力六万，内有战象六十余头，出遵义入四川。
随后，刘文秀率王复臣、贺九仪、袁韬、武大定、张先璧、张光萃、祁三升以步骑五万由乌撒、雪山关、泸州等地展开全面反攻，进入川南。七月，刘文秀军攻入叙州（今宜宾），大败清将卢光祖、杀清军总兵南一魁。随后，再攻取重庆，进围成都，清朝知府周基昌被杀。吴三桂引兵前来迎击，双方激战，刘文秀军阵斩清军都统白含贞、白广生等人。八月九日，刘文秀围困吴三桂，清军死战不敌，突围后逃往绵州。此战刘文秀军斩杀清军万余人，吴三桂不得不退守至保宁。
刘文秀占领成都后，继续率军追击清军，进逼保宁。此时，清军在四川境内只剩保宁一座孤城，吴三桂本想放弃保宁，退守汉中，但由于保宁在前期破坏程度不大，已经被清政府设立为四川临时省会。此时，四川巡抚李国英与郝浴也在保宁城内，正在举行乡试。在郝浴的极力主张下，朝廷勒令吴三桂不得放弃保宁，吴三桂虽对郝浴不满，但也只得听从朝廷旨意，在保宁严密部署，打算拼死一战。

十月二日，明军开始进攻保宁城，最初的计划是约白文选会师后再一同攻城，但刘文秀因屡胜清军而开始有些轻敌之意，并没有采纳王复臣的谏言，随即下令展开攻城，结果被吴三桂窥出破绽。不久，吴三桂和李国翰联兵出战，集中火力偷袭张先壁部，张先壁很快被击破，溃兵随之冲乱了南明军的阵脚。王复臣部被乱兵所扰，又被江水阻挡，逐渐不支。王复臣被清军重重围住，他愤然说道：“大丈夫不能生擒名王，岂能被俘而受辱！”于是手斩数人，后自刎而死。随后，刘文秀下令全军撤退。吴三桂也不敢冒然追击，他擦了擦冷汗，说道：“我一生未见如此恶战，如果刘文秀听取王复臣的建议，与白文选合兵攻击的话，我军必输啊！”于是退回汉中修养。刘文秀收拢溃兵回到成都，命曹勋、侯天锡留守成都，塔新策留守重庆，总兵龙麟升为四川布政使，负责四川总体工作，刘文秀则回师贵州。不久，吴三桂趁机再次南下，攻占了四川大部分地区。
后来，东路军李定国却在湖南、广西等地大败清军，一时天下震动。然而，积蓄已久的南明内部矛盾却终于爆发，矛盾双方正是孙可望与永历帝及其支持者李定国、刘文秀等人。孙可望被推为大西首领后，独断专行，不希望受到永历帝的掣肘，使自己彻底沦为单纯的南明抗清的军事力量，甚至有取而代之的打算，同时也对内部的“三将军”集体领导制不满。而李定国、刘文秀对孙可望的专权以及对待永历朝廷的态度也极力反对。于是双方的政治路线出现背道而驰，终于不得不分道扬镳。
1656年，李定国为顾全大局，被迫退入广西、云南，将万历帝从贵州安龙迎入云南昆明。1657年，孙可望率十余万大军从贵州进兵云南，此时的李定国仅三万兵力，双方在云南曲靖发生大战。由于孙可望在内部已不得人心，许多将领临阵倒戈，投向李定国阵营，孙可望大败，退回贵州。回到贵州后，孙可望留守贵州的将领也发生反叛，献城于永历。孙可望走投无路，北奔湖南投降清朝，随即向清廷出卖了西南军事情报，导致李定国和西南抗清武装最后的失利。不过，1660年十一月，对清廷已无利用价值的孙可望终被清廷兔死狗烹，在一次随君出猎中被意外射中而生亡。