孙可望降清后不久的1657年十二月，清廷趁南明内乱刚刚结束，局势未稳之机，任命平西王吴三桂为平西大将军、固山额真（非旗主，但管理某旗下军政事务的长官）赵布泰为征南将军、固山额真爱新觉罗·罗托为宁南靖寇大将军，分兵三路，分别从四川、湖广（今湖南、湖北）、广西进军，对南明政权发起总攻。吴三桂总领四川一路。这轮进攻，清军所向披靡。1658年四月三日，吴三桂攻下重庆，继续进军贵州。五月，贵州陷落，吴三桂发檄招降了川南的南明残将，对于少数仍继续抵抗者，则进行攻杀。自此，清军基本控制了四川，随之向云贵继续紧逼。不久，南明政权在清军的继续讨伐中迅速走向灭亡。1659年八月，朱由榔被占取云南的吴三桂赶到滇西边境，不得不逃往缅甸。1661年十二月，缅王迫于清廷压力，将朱由榔及其家属送交清军带回昆明。清康熙元年（1662年）四月，吴三桂在清廷的旨意下，将朱由榔及皇太子朱慈烺等缢杀于昆明。同年六月，南明晋王李定国忧愤而终。至此，南明政权宣告覆灭。
不过，四川的战乱并没有彻底结束，川东还有一些以“夔东十三家”为首的地方武装力量继续抗清，这些势力大部分来自于李自成的余部，有的是本地势力，向来以劫掠为生。康熙二年（1663年），李国英统领四川、陕西、湖广三省兵力联合会剿。经过一年多的剿匪，夔东十三家势力被陆续清除。1664年八月五日，被清军包围于湖北兴山县茅麓山的李来亨弹尽粮绝，见大势已去，将金银财宝分与众将，让大家分散突围逃命，然后焚烧全家，后自缢而亡。至此，四川最后一支抗清队伍被彻底消灭。
清朝控制四川后，似乎等待的是百废待兴，但是此时的四川经历30年左右的战乱，已是荒败残破，人口凋敝，四川全境宛若人间地狱。在这段战乱时期，无论是南明军、清军，还是贼军，除杨展能勉强自给自足外，基本都靠抢劫四川残民的粮食作为供给，本就所剩无几的四川百姓持续被战乱蹂躏。

当时经历这次战乱的许多亲历者写下的见闻成为了最好的一手资料。《蜀碧》中记载，叙州（今宜宾）有人为了躲避战乱，遁入深山老林，成为“遍体生毛，与麋鹿无异”的野人。实际上他们当然没有长毛，而是因为常年没有理发，以至披头散发，穿的是树叶草茎，无法遮体，靠吃树皮野果为生，与原始人的生活无异。有一天，一位“野人”在路边觅食，看见清军官兵持械而过，他以为是张献忠的军队卷土重来，因此“飞走入山”。官兵们看见他比猿猴还跑得快，都争先恐后追去。可是一眨眼工夫，那个野人已经消失得无影无踪。野人如此身手敏捷，只不过是被战乱逼迫出来的生存之道罢了。
不仅如此，战乱之后的四川叫出现了严重的虎患。《蜀龟鉴》记载，当时四川地区的老虎很多，而且经常能够穿破屋顶，跳过城楼，攫人而食。川西北残存的百姓为了防止虎患，数十家共同聚居在一个村落，然后再在四周专门搭建坚固的木栅栏，防止老虎进入。村民每到河边打水时都不敢独行，必须数十人手持器械协同防护。
亲历战乱的欧阳直在《蜀警录》中说到，过去四川在太平时期，从来没听说过虎患，可是自从张献忠离开成都后，很多地方都开始出现老虎，有时七八只为一窝，有时是一二十只为一队，或爬楼上屋，或浮水登船，让人不寒而栗。有一次，欧阳直从内江经叙南（今宜宾）至泸州。一天夜晚，他在月光下看见四只老虎，吓得赶紧躲入乱草丛中屏住呼吸，才躲过一劫。后来在叙南坐船，看见一群老虎在岸边饮水。经过泸州时，也看见岸上有数十只老虎，沿着江岸鱼贯而行。
康熙初年，经历过兵荒马乱，一批被朝廷新任的地方官员相继来到四川就任，然而此时的四川早已不是世人心中那个丰饶富庶的天府之国，当他们赶到就任的各个州县之后，才发现四川已变得如此荒凉残破、千疮百孔。《清代四川史》中记载，荣昌县令张懋带着主仆八人来到县城上任，结果发现城内空无一人。临至傍晚，一行人正在残垣断壁间寻找老县衙所在地。忽然一群老虎从杂树间呼啸着扑了过来。一行人于是展开了与老虎的搏斗，最后八人中有五人葬身虎口，场面极其惨烈。

四川不但有老虎吃人，人吃人的现象也十分普遍。彭遵泗在《蜀碧》中记载了一则故事，此事为他家年迈老仆人亲口所言。有一次，该老仆发现离家不远的地方，有一个无家可归的逃难者饿死在路上，村里的人便商议着晚上去剥皮分肉。但当他们晚上举着火把赶到那里时，却发现只剩下一颗人头，人肉已经被别人捷足先登。彭遵泗还记载他小的时候，看见亲戚中有几个老人，眼珠子黄得像蜡，便询问其中缘故。有人告诉他，这些老人在战乱时期因为没有粮食，吃多了人肝，患了肝病，导致面色赤黄。
顺治十五年( 1658年)，曾经在四川总督李国英府中任幕僚的阆中生员刘达，被李国英派到西北去购买战马，当他回到家乡，看到沿途荒废颓败的景象，大感伤痛。他在给李国的信中写道：“ 当我回到三巴（川东北一带），看到沿途尸骸遍野，荆棘丛生。昔日的亭台楼阁，今天成了狐狸和野兔的藏身之所；昔日的名胜古迹，今天成了一堆瓦砾，成为飞鸟和老鼠的栖身之地；昔日的桑麻粮田，今天成了野草丛生的荒地。山河如故，但景物却面目全非。家乡的旧故，百人中仅有一二人侥幸存活下来，大家见面，皆是莫名的悲伤。回首往昔，一切恍然如梦”。随后，刘达又向李国英提出了辞职，辞职的原因：刘达说他今年三十多岁，前妻死于战事尚未续弦，念及不孝之事无后为大，因此决定辞去军中职务，愿意当一名日出而作、日落而息的老农，“恨不弃人间事，愿从赤松游耳”，以了终身！李国英看完信后叹息良久，对于刘达的想法感同身受，也非常理解。因为亲历如此世间悲凉，足以让每一位苟活下来的人“看破红尘”。
作为张献忠曾经盘踞和焚毁的成都，相比其他地方，情况可能更糟。
顺治十六年（1659年），吴三桂已攻下南明的最后一块地盘云南，四川局面基本得到控制。清廷决定将四川省会由保宁迁回成都，此时湖广总督李国英（不久后改任四川总督）已入驻重庆，四川巡抚高民瞻进入成都，由于没有可住人的房子，官员们暂时居住在城楼之上。当年十一月初八，高民瞻向清廷上疏，陈述成都城市已被彻底破坏，并提出先行修建一些最简单的房屋，以便满足各部门办理公事的基本要求，待战事平息后，再行逐渐修复城墙、官署、监狱、官库、仓廒等重要设施。此后，直到康熙四年（1665 年），四川省会才由保宁正式迁回成都。

明代时期成都城内的古井共有两万多口，此时仅仅能找到两百余口。其余的井，要么塞满瓦砾，要么填满死人尸骨。后来有一名老僧，专门雇佣车辆和人力，把城中古井里的尸骨运送出城，结果几十年都没有处理完这些尸骨。
1659年前后的成都，也成为虎群出没之地。城中草木茂盛，麋鹿野兔、豺狼虎豹时常出入房舍，其中蜀王府的野兽最多。官军不得不在城内展开射猎，但两三年都没能杀尽野兽。当时的温江人刘春开勇武善射，曾任云骑尉，居住在石家庙附近。得知附近树林时常有老虎出没吃人，他于是奋力驱虎，赶走了不少虎狼野兽。为防老虎，每天晚上他都和衣而睡，妻妾们则挑灯夜坐，不敢关灯合眼。一天晚上，三更刚过，刘春开忽然听见一阵呼啸之声，他急忙起来查看，看到遍地血迹，妻妾已被两只老虎叼走。他追入林中，见老虎正在啃吃妻妾。他愤怒之下，持刀与二虎展开搏斗，杀死了其中一只老虎，另一只中箭后也开始逃逸。刘春开急追不放，哪知老虎忽然转身跃起，将他咬死。
顺治十七年（1660年），清廷任命江西左布政使佟凤彩接任四川巡抚。佟凤彩来到成都后，见成都的孔庙荒草丛生，已成为狐狗野兔藏身之所，其荒败的景象堪比电影《倩女幽魂》中的南若寺。曾经孕育“天府之国”的都江堰自秦代以来便造福川西民众，然而顺治四年至六年（1647~1649年) 的三年间，由于战乱，加之全川大旱，川西平原的剩余饥民都向外逃亡，百里之地，荒芜人烟，都江堰也因此淤废。佟凤彩就任四川巡抚后，上疏请求修筑成都府城，修孔庙大成殿、启圣宫、明伦堂等。但因工程浩大，需要大量钱财和人力，朝廷只能暂时搁浅。佟凤彩于是动员当地的官员们捐款筹资，修筑了部分成都府城和学社。他还上疏朝廷，提出凡是需要用到都江堰之水的各州县，根据田粮多少派出相应人力，每年参与江堰的疏浚工作，使都江堰工程逐渐得到恢复。

康熙二年（1663年），佟凤彩因祖母丁忧之事而辞去官职，清廷任命顺天府尹（近似今天北京市长）张德地接任四川巡抚。张德地于1664年七月由保宁（今阆中）出发赶往成都。为了更好的进行四川“战后重建”工作，他特意绕道，沿涪江水路，从保宁来到顺庆（今南充），再经过重庆，沿长江到达泸州，然后溯岷江而上进入成都，以便更多地了解四川的凋敝程度和民生情况。然而，张德地从保宁上船后，连续几天也听不见人声，看不到一个人影，也看不到耕地和农作物，到处是荒山野岭、杂草密林。过去星罗棋布的乡间市镇，如今已成为野兽横行的天地。由于重庆是总督驻地，情况稍微好一些，不过户口也不过数百家；其余州县，大多者只有数十家或者十余家，少者一二家。在从泸州赶往成都途中，沿路城市皆是残檐断壁、杂草丛生，只能看见一两个衣衫破烂的穷苦残民。同年底，张德地抵达成都，他看到城内破败不堪，居民最多不到几十户，老人小孩皆面容枯瘦。城外的村镇，也只能看到几间茅屋以及几个赤贫的穷苦百姓。看了这些景象，张德地十分痛切地说道：“若不及时想出对策，让人口得到恢复，想让四川恢复到从前的样子是很难的。”
正如张德地所言，经历战乱后的四川，人口锐减是最大的问题。明末崇祯年间，四川还有几百万人口，而顺治十八年（1661年）官府做的人口统计，四川入册人口仅8万余人，其中纳税的人丁额仅1.6万，仅与东南之省的一个县相当，以至于朝廷不得不从外省调拨银两支持四川地方财政。康熙二十四年（1684年）统计的四川入册人口约9万人。当时的四川形势，正如《 清圣祖实录》所言：“蜀省有可耕之田，而无耕田之民。”
随后，四川展开了一系列重建和移民工作。然而，好景不长，四川的恢复工作却被一场长达8年的“三藩之乱”打断。
清初，清廷将建国过程的三位汉人功臣封为藩王，其中有镇守云贵的平西王吴三桂；镇守广东的平南王尚可喜；镇守福建的靖南王耿仲明，他死后，先后由其子耿继茂、孙子耿精忠袭封。三位藩王由于掌握封地的军政大权，因此逐渐形成尾大不掉的地方割据势力，三藩势力范围占据了近半个中国。三藩势力已对清王朝的统治已构成巨大威胁，康熙帝于是决定撤掉三藩，但却导致了以吴三桂为首的不满。

康熙十二年（1673年）十一月月二十一日，曾经在清廷消灭汉人反抗势力的过程中“表现亮眼”的吴三桂以“兴明讨虏”的旗号起兵反清，掀起了三藩之乱的序幕。1674正月，吴军将领王屏藩、游击军董清芳等率兵3万从云南经建昌、越西攻入四川。由于当时的“反清复明”仍有强大的号召力，一时间，以四川提督郑蛟麟，四川巡抚罗森为首的清朝官员以及地方势力、百姓纷纷加入吴军反叛清朝，四川随之落入吴三桂手中。不久，吴军攻下陕西汉中、兴安（今陕西安康）、湖南衡州（今衡阳）等地，但随即遭到清军的顽强抵抗，出现了相持的局面。
康熙十七年（1678年），已经74岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但此举并未能改变叛军的困境。同年秋，当了3个月皇帝的吴三桂便病死，一时众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位，扶柩返回云南。1679正月，清军在湖南岳州、长沙等地重创吴军。康熙于是谕令大将军图海“恢复兴汉（兴安及汉中），以平蜀地”。九月，清军分四路向兴安、汉中发起反攻，吴军王屏藩败退广元。随后清军兵分两路，一路于康熙十八年（1679）十月入川，突破朝天关，攻占保宁（今阆中）。与此同时，另一路直下阳平关，随后进入四川，连克龙安府（今四川平武）、江油、绵竹等地，于1680正月抵达成都，吴军的四川巡抚张文德率成都军民投降清军。另有一路清军从湖广出发，溯江而上，攻克了重庆及川东各州县。
1680年，节节失利的吴军进行着最后的挣扎。闰八月初，吴军突犯四川纳溪、泸州等地，川南各地相继失守。曾经在万县投降清军的吴军将领谭弘等，再次反叛清军，以响应吴军，并攻陷万县、达州等地。曾投降清朝的建昌（西昌）总兵彭时亨也发动叛乱。此时，清军面临再次丧失四川的威胁。康熙决定改四川总督为川陕总督，并由哈占担任，统领两省军务，组织清军反攻。哈占率领清军从成都增援川南。吴军将领何德成、宋国辅等相继投降。1680年十二月，川东吴军首领谭弘战败而死，吴军士气大损。清军乘势收复万县、云阳、忠州等地。1681年八月，清军总兵李述芳等打败吴军胡国柱所部，收复建昌（今西昌）。分散在川北、川东北的吴军也纷纷瓦解。至此，四川境内的叛乱被平息。随后，清军攻入云南昆明，吴世瑶见大势已去，服毒自杀，“三藩之乱”终告平息。

历时8年的三藩之乱， 让四川成了吴军与清军的主战场，也让刚刚步入正轨的四川再次遭到惨烈破坏。吴军占领四川后，在各处州县征调粮饷，使本就稀少的四川百姓承担了沉重的赋税和徭役之苦。不仅如此，成都以及周围城市被严重破坏，成都所属的各地州县，荒无人烟，剩下一些老弱病残，没有粮食可吃，只能从地下挖出一些死人尸骨充饥。古洛东也在《圣教入川记》中写道，自康熙六年（1667年）至康熙二十年（1681年）的15年间，四川各地百姓被烧杀掳掠掳，即使不遭军队抢掠，也会被盗贼抢掠。在此时战乱过后，四川地广人稀，除少数人躲避于山寨，其余地方看不到人迹。所有地土，无人耕种，荒郊旷野，一望无际。成都城内的衙府和民房，已被荒草覆盖，老虎和野兽再次横行各地。此时的四川，与十几年前南明刚刚灭亡后的景象如出一辙。
不过，三藩之乱算是清朝入川后的最后一次大型战乱，后期进入长久的和平时期，四川的重建工作重新得到恢复，持续一百余年的“湖广填四川”或许才算真正的开始。
——此节完——